Desde o ano de 2002 se vinha falando nos Encontros de Ecônomos (as) promovidos pela CRB do Paraná, Santa Catarina e Rio grande do Sul, sobre a importância e necessidade de realizar o desmembramento das Entidades Religiosas em duas distintas: uma que atendesse a vida e atividades das Irmãs e outra mais a parte Beneficente de Assistência Social.

Decorridos alguns anos, sentiu-se a necessidade de resolver este impasse, porque estava se tornando cada vez mais difícil administrar a Província como uma única Entidade, sobretudo devido às exigências legais do governo decorrentes das alterações do novo Código Civil Brasileiro, consubstanciado na Lei n. 10.406, de 10 de janeiro de 2002. Motivadas por estas exigências, começou-se a pensar seriamente na Cisão Parcial da Congregação das Irmãs Franciscanas de São José – Província de Nossa Senhora do Perpétuo Socorro, em duas Entidades: uma Entidade Religiosa e uma Entidade Beneficente de Assistência Social. A primeira Entidade se ocupa da vida e atividades das Irmãs nas Fraternidades locais; a segunda, sendo uma Entidade Beneficente de Assistência Social, se ocupa das Obras próprias da referida Entidade que passará a denominar-se Associação das Irmãs Franciscanas de São José.

O processo de cisão da Província foi longamente discutido e aprovado na Assembléia Geral da Instituição, realizada no dia 14 de março de 2007, em Angelina/SC, com a presença de todas as Superioras locais, Diretorias das Obras próprias (4 Hospitais e 1 Escola) e outras Irmãs convocadas, sob a presidência de Irmã Maria Aurélia Pauli – Superiora Provincial. E finalmente no dia 13 de outubro de 2007 realizou-se a Assembléia Geral.